選択フォルダーの階層を保ったまま、別ディレクトリにPDFだけをスポットライトで検索してコピーします。
簡単に書いているので、別ディレクトリに同一名のフォルダがあることが前提です。
tell application “Finder“
activate
set a1 to selection as alias list
repeat with a9 in a1
set {a10, a11} to {name of a9, {}}
repeat with a8 in paragraphs of (do shell script “mdfind .pdf -onlyin “ & (POSIX path of a9))
set a11 to a11 & a9(a8) of me
end repeat
set a12 to “別ディレクトリのパス“ & a10 & “:“ as Unicode text
duplicate a11‘s items to alias a12 with replacing
end repeat
end tell
on a9(a8)
return POSIX file a8
end a9
